聚合酶鏈反應(PCR)產物是指通過特定的引物和酶在模板DNA上進行擴增的DNA片段。這種產物是特定的DNA序列的拷貝，通常由一對引物指導DNA聚合酶沿模板DNA合成。具有廣泛的生物學應用價值，且其純化和分析需要考慮多種因素以確保實驗的準確性和可靠性。
PCR產物瓊脂糖凝膠與聚丙烯酰胺凝膠電泳檢測方法：
一、瓊脂糖凝膠電泳
這是實驗室zui 常用的方法，簡便易行，只需少量DNA即可進行實驗。其原理是不同大小的DNA分子通過瓊脂糖凝膠時，由于泳動速度不同而被分離，經溴化乙錠（EB）染色，在紫外光照射下DNA分子發出熒光而判定其分子的大小。
用于電泳檢測PCR產物的瓊脂糖濃度常為1%—2%，應該使用純度高的電泳純級瓊脂糖，這種瓊脂糖已除去了熒光抑制劑及核酸酶等雜質。
（1）制膠
瓊脂糖凝膠厚度約為3~5mm。過薄則加樣孔樣品會溢出來，過厚觀察時熒光穿透不強以至有些小片段DNA帶型不易分辨。如配制2%凝膠100ml，稱取瓊脂糖2g于三角瓶中，加入100ml 0.5×TBE液，微波爐加熱2-5min，使瓊脂糖wan 全溶解（注意不要暴沸），置室溫等溫度下降至60℃時，加入終濃度0.5μg/ml的EB液，充分混勻后倒板（注意排除氣體）。
（2）加樣和電泳
上樣時一般取PCR反應液5~10μl，加入3μl溴酚蘭液，充分混勻，加入凝膠加樣孔中。電泳儀可用一般穩壓可調中壓電泳儀，電泳工作液為0.5×TBE液，接通電源，使樣品由負極向正極移動。60-100V恒壓電泳約30-60分鐘。
（3）檢測
將凝膠板放在紫外透射儀的石英玻璃臺上進行檢測，DNA產物與熒光染料EB形成橙黃色熒光復合物。觀察各泳道是否有橙黃色熒光帶出現，并與擴增時所設的陽性對照比較，判斷陽性或陰性結果。也可在電泳時以標準分子量作對照，判斷其擴增片段是否與設計的大小相一致。
PCR擴增后一般進行瓊脂糖凝膠電泳分析，電泳后一般有以下幾種條帶：
1、引物帶。引物濃度過高或是擴增效率不是特別高時都會有，一般不呈現為細帶，為發散狀；如果目的擴增產物帶和引物帶都很亮，可以考慮適當降低引物量。
2、引物二聚體帶。比引物跑得慢一點，條帶清晰，但如果擴增產物小于100bp時，產物與引物二聚體就不好分別了，建議采用DNA聚丙烯酰胺電泳（不是蛋白質的SDS聚丙烯酰胺電泳）；如果引物二聚體在優化復性溫度后仍然嚴重影響目的產物的擴增，優先考慮更換引物設計（因為引物合成的成本比反復優化條件的成本低）
3、目的擴增產物帶。其大小與設計大小相同，條帶清晰。
4、非特異擴增產物帶。其大小與設計大小不相同，條帶清晰。一般考慮通過提高復性溫度來減少或消除（也可用溫度梯度功能來尋找zui佳的復性溫度，東勝龍811型PCR儀就有此功能）。如果其片段大小比目的片段大較多，可以通過減少延伸時間來減少或消除（即不給它足夠的延伸時間）。還有一種非特異擴增產物帶是來自于逆轉錄PCR實驗時的基因組DNA的污染，如果目的擴增產物中有內含子，擴增產物很可能大于目的基因。這種條帶通過優化復性溫度是不能消除的，可以在逆轉錄前用無RNA酶的DNA酶進行樣本處理。
5、模板DNA帶。模板濃度過高時可能出現。如果是基因組DNA為模板，條帶可能會很亂且較大。一般進行PCR擴增時，模板濃度都不要太大，否則會產生一些比目的基因長一點的雜質DNA（可能不成條帶，也看不到），這是由PCR擴增原理造成的。
二、聚丙烯酰胺凝膠電泳
聚丙烯酰胺凝膠電泳比瓊脂糖凝膠電泳繁瑣，但在引物純化、PCR擴增指紋圖、多重PCR擴增、PCR擴增產物的酶切限制性長度多態性分析時常用到。
聚丙烯酰胺凝膠電泳分辨DNA片段的有效范圍：
(1)制膠
在兩塊制膠玻璃板中間放上墊片，放上制膠架，擰緊制膠螺絲夾緊玻璃板。
制備適量合適濃度的凝膠，使之略多于膠板。
不同濃度（%）聚丙酰胺凝膠的制法：
在加入TEMED和10%過硫酸銨后，立即混勻，倒入放置45℃角的玻璃板內，wan 全注滿（注意不要有氣泡），迅速將玻璃板放置水平位置。立即放成型梳子于腔頂并夾緊，待30-60分鐘膠聚合后，取下膠板，放入電泳槽中固定。
（2）加樣和電泳
上下槽中加入1×TBE電泳緩沖液，溢過加樣孔，拔出梳子，排出加樣孔中的氣泡，將PCR產物或限制性內切酶消化產物2與1上樣緩沖液混勻，用微量注射器加入加樣孔底部，使樣品在孔底成一層，兩側孔中加入標準分子量的DNA Marker。
以2-10V/cm電壓電泳，電泳時間足夠長，使片斷足以分開，待指示劑走到適宜位置時關閉電源，將膠片取出。
（3）銀染
分開兩塊玻璃板，將凝膠片放入100ml銀染固定液中振蕩15min，雙蒸水洗3次，每次2min，然后將凝膠片轉入100ml 0.2%的AgNO3中于搖床上染色約10min，吸去AgNO3液，用雙蒸水洗3次，每次30s，加入100ml顯色液約7-10min，待DNA帶顯示清除時，吸去顯色液，加入固定液Na2CO3，靜置2-3min，取出凝膠觀察。
