蛋白酶抑制劑從廣義上指與蛋白酶分子活性中心上的一些基團結合，使蛋白酶活力下降，甚至消失，但不使酶蛋白變性的物質。從放線菌發酵液中分離到亮肽素、抗痛素、糜蛋白酶抑素、抑彈性蛋白酶醛、抑胃蛋白酶素、磷酰胺素等，能分別抑制胰蛋白酶、木瓜蛋白酶、糜蛋白酶、彈性蛋白酶、胃蛋白酶、金屬蛋白酶等各種蛋白酶。都屬于蛋白酶抑制劑。
蛋白酶抑制劑的作用特點：
是基于肽類的化合物，它們或競爭性抑制蛋白酶活性或作為互補蛋白酶活性點的抑制劑。這類藥物能抑制蛋白酶的活性，其主要作用于艾滋病病毒復制的后階段，由于蛋白酶被抑制，使之從感染的CD4細胞核中形成DNA不能聚集和釋放。
蛋白酶抑制劑的作用機制：
HⅣ等逆轉錄病毒基因編碼的前體蛋白需要在蛋白酶作用下裂解為功能性結構蛋白才能裝配成完整病毒顆粒。蛋白酶抑制劑可與病毒蛋白酶催化基因結合抑制酶活性，導致蛋白前體不能裂解和形成成熟病毒體。
蛋白酶抑制劑的相互作用：
該品可與利托那韋結合使用以提高藥效，用于治療用其他抗逆轉錄病毒療法治療無效的HⅣ。
破碎細胞提取蛋白質的同時可釋放出蛋白酶，這些蛋白酶需要迅速的被抑制以保持蛋白質不被降解。在蛋白質提取過程中，需要加入蛋白酶抑制劑以防止蛋白水解。以下列舉了5種常用的蛋白酶抑制劑和他們各自的作用特點，因為各種蛋白酶對不同蛋白質的敏感性各不相同，因此需要調整各種蛋白酶的濃度。由于蛋白酶抑制劑在液體中的溶解度極低，尤其應注意在緩沖液中加人蛋白酶抑制劑時應充分混勻以減少蛋白酶抑制劑的沉淀。
蛋白酶抑制劑的作用機制：
在生物化學和分子生物學層面上來講：
1、結構基礎的抑制：蛋白酶抑制劑可以通過模擬蛋白酶的自然底物（通常是特定的肽序列）來設計。這些抑制劑在分子水平上與蛋白酶的活性位點或底物結合區域相互作用，形成穩定的復合物。這種相互作用通常涉及氫鍵、疏水相互作用、范德華力以及在某些情況下，共價鍵的形成。
2、動態調控和反饋抑制：在代謝途徑中，蛋白酶的活性常常受到其產物或其他信號分子的反饋抑制。這是一種生物學上的調節機制，用于保持細胞內代謝的平衡。例如，某些代謝途徑中，當終產物的濃度增加時，它可以與途徑上游的某個酶結合，改變其構象，減少其活性，從而減緩生產速率。
3、轉錄層面的調控：有些蛋白酶抑制劑的表達受到轉錄因子的控制，這些轉錄因子響應細胞內外的信號。例如，炎癥信號可以促進某些蛋白酶抑制劑的合成，作為對炎癥反應的負反饋機制。
4、共價修飾：不可逆蛋白酶抑制劑通常通過與蛋白酶的活性位點殘基形成共價鍵的方式產生作用。這類抑制劑包括自然界中的毒素和藥物設計中合成的分子，如絲氨酸蛋白酶抑制劑中的DIPF（二異丙基氟磷酸酯），它通過與絲氨酸殘基的羥基形成共價鍵而發揮作用。
5、活性位點的遮蔽：一些大分子抑制劑（如蛋白質或多肽）可能通過物理上遮蔽蛋白酶的活性位點，阻止底物接近，從而抑制酶的活性。這種遮蔽可以涉及蛋白質-蛋白質的復雜相互作用，要求抑制劑精確地與蛋白酶的表面結合。
6、底物模仿和過渡態類似物：一些高效的蛋白酶抑制劑模仿蛋白酶的底物或其過渡態（即底物轉化為產物過程中的瞬態結構）。這些模仿物與蛋白酶結合的親和力遠遠超過天然底物，因為它們利用了酶的過渡態復合體的高親和力。這些抑制劑設計的核心是理解酶催化機制中的過渡態特征。
7、烯醇化學抑制劑：特別是在處理類丙酮酸蛋白酶時，設計可以模仿烯醇中間體的抑制劑是一種策略。這些抑制劑對應的是蛋白酶催化機制中的高能過渡態，從而與酶形成非常穩定的復合物。
8、調節性抑制劑：有些蛋白酶抑制劑可以調節蛋白酶在細胞內的定位、分解或合成。例如，IAP（抑制凋亡蛋白）家族可以抑制在凋亡途徑中起作用的蛋白酶，如半胱氨酸蛋白酶。
