普通PCR又稱終點PCR，是最傳統與基礎的PCR方法，這種方法通過在產物正常擴增結束后，進行瓊脂糖凝膠電泳、聚丙烯酰胺電泳等方式對產物染色、拍照，通過得到的條帶亮度對PCR產物的量、片段長度進行分析。但是我們要注意很重要的一點，普通PCR不能反映反應體系的起始狀態，即樣品差異、擴增效率差異等多種情況都可能會導致最終的擴增效果，所以這種方法比較適用于疾病診斷與某些定性研究分析。
熒光定量PCR即qPCR、Real-time PCR，都是實時定量PCR。其原理就是在PCR反應體系中加入特定的探針，其中含有熒光基團，熒光定量PCR儀在每一個擴增循環都會收集積累的熒光信號，從而達到對反應體系的全程監控與定量分析，所以qPCR既可以反映反應體系的起始狀態，也可以反映最終擴增效果，相比于普通PCR更精確，更簡單。
普通PCR與熒光定量PCR二者的實驗結果相同，都能說明生物體外的特殊DNA復制的整個過程的擴增效率和溶解溫度情況。但是二者的不同主要集中 在以下幾個方面：
1、二者原理不同
熒光定量PCR實時監測與DNA結合的熒光染料激發的熒光，普通OCR通過檢測插入DNA中核算染料的量來測定PCR最終產物量。
2、二者系統組成不同
熒光定量PCR儀比普通的PCR儀多了熒光信號采集系統和計算機分析處理系統。
3、二者反應要求不同
熒光定量PCR對擴增片段有較高的要求，一般為100-300bp，普通PCR可以擴增長點的片段。
4、二者應用不同
熒光定量PCR主要是用來定量分析和確定基因轉錄水平的，普通的PCR儀是做定性分析和擴增基因片段，定量PCR儀可以做普通PCR儀的工作，反之不行。
5、二者測量成本不同
定量PCR儀價格較為昂貴，普通的基因擴增儀(PCR儀)只能夠定性地分析是否存在目標片段。但是價格要低很多，而且運行成本也要低很多。
實時熒光定量PCR技術有效地解決了傳統定量只能終點檢測的局限，實現了每一輪循環均檢測一次熒光信號的強度，并記錄在電腦軟件之中，通過對每個樣品Ct值的計算，根據標準曲線獲得定量結果。
